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广东大学生物中国信鸽信息网学与动物病原学团队研究发现重组导致美洲猪瘟病毒基因组打算全局性

2019年08月16日  点击:[]

美洲猪瘟病毒特重影响了我国的生猪养殖场,目前仍然缺少有效的疫苗和药物过敏怎么办来防治该病毒,其中很重要的原因在于对该病毒的变异体制缺乏了解。美洲猪瘟病毒属于rna是单链还是双链DNA病毒。基因组打算大小分布在170kb~200kb之间,变化较大。为了阐释该病毒的基因组打算变异体制,2019年8月10日来自广东大学生物中国信鸽信息网学与动物病原学研究团队在国际兽医术权威期刊英文《Veterinary Microbiology》披露题为“Homologous Recombination Shapes the Genetic Diversity of African Swine Fever Viruses”的文章。

研究团队通过生物中国信鸽信息网学方法浅析了数据库中已有的39个美洲猪瘟病毒基因组打算,发现该病毒中基因组打算片段的插入和缺失(Indel)对于基因组打算全局性的贡献远大于点突变。浅析Indel的位置发现30%的Indel分布在编码区,其中70%的基因组打算Indel可能造成氨基酸原粉的插入和缺失。

为了研究Indel的产生体制,在部分排除了压制滑动和转座等因素之后。发现在美洲猪瘟病毒基因组打算中大量发生的重组事件与基因组打算Indel的发生设有明显的关联,因此基因组打算重组很可能导致了基因组打算片段Indel(特别是大的Indel)的发生。

大部重组事件都是基因型特异的,同时发生在基因组打算的两端。末后。研究团队发现美洲猪瘟病毒基因组打算中设有大量33~49 bp的重复序列翻译,它们以成簇的形式冒出。同时在重组区域的重复元件翻译明显大于非重组区域,表明重复元件翻译便于基因组打算重组的发生。

综上用英语怎么说,美洲猪瘟病毒基因组打算中设有的大量重复元件翻译便于基因组打算重组的发生,重组愈加导致了病毒基因组打算的全局性以及病毒表型(如抗原有哪些/寄生性等)的全局性,极大增加了防控该病毒的难度。

本工作的完成不仅便于增强对于美洲猪瘟病毒进化体制的冷暖自知,心明如镜,同时也为该病毒的防控供给了一定的科学依据。相关结果于2019年8月10日在线披露于国际兽医术权威期刊英文

《Veterinary Microbiology》,论文原文通链接:https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0378113519304183?via%3Dihub%E3%80%82

本工作是在广东大学生物澳门新葡亰机长谭拥军教授的倡议下进行,同时也饱尝中国医术科澳门新葡亰蒋太交教授的力气支持与指导。论文第一作者英文为广东大学生物澳门新葡亰博士县长留学人员朱兆中与肖朝庭大学讲师。通讯作者英文为广东大学生物澳门新葡亰生物中国信鸽信息网中心的彭友松大学讲师。本工作饱尝国家国家重点学科研发打算(2016YFD0500300。2017YFD0500104)。国家杰出青年科学基金(31671371)和广东省招投标监管网自然科学基金(2018JJ3039)等等基金的支持。

ABSTRACT

The African swine fever virus (ASFV) has severely influenced the swine industry of the world. Currently, there is no effective vaccine or drugs against the ASFV. How to effectively control the virus is challenging. In this study, we have analyzed all the publicly available ASFV genomes and demonstrated that there was a large genetic diversity of ASFV genomes. Interestingly, the genetic diversity was mainly caused by extensive genomic insertions and/or deletions (indels) instead of the point mutations. Further analyses showed that the indels may be attributed much to the homologous recombination, as supported by significant associations between the occurrence of extensive recombination events and the indels in the ASFV genomes. Besides, the homologous recombination also led to changes of gene content of ASFVs. Finally, repeated elements of dozens of nucleotides in length were observed towidely distribute and cluster in the adjacent positions of ASFV genomes, which may facilitate the occurrence of homologous recombination. This work highlighted the importance of homologous recombination in shaping the genetic diversity of the ASFVs, and could help understand the evolution of the virus.

原文通链接:

1. Zhaozhong Zhu, Chao-Ting Xiao, Yunshi Fan, Zena Cai, Congyu Lu, Gaihua Zhang, Taijiao Jiang, Yongjun Tan, Yousong Peng. Homologous Recombination Shapes the Genetic Diversity of African Swine Fever Viruses,Veterinary Microbiology,2019.

https://doi.org/10.1016/j.vetmic.2019.08.003.



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